一、對微生物產生的生物活性物質及其菌株進行篩選 例如生產青霉素就要篩選出能產生青霉素的青霉菌。
二、對微生物的生理代謝進行研究 例如利用發酵工程將谷氨酸發酵生產工業化，其關鍵在于科學家搞清楚了生物素在細胞通透中的作用。
三、采用新的發酵工藝和新的控制程序 例如新的生物反應器對微生物的溶氧參數、熱參數、酸堿度、氧化還原電位等重要參數控制更加嚴格。
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